Desa Mekarsari adalah hasil pemekaran dari desa induk sebelumnya yaitu desa Kertajaya, nama Kertajaya diambil dari nama makam sesepuh "Raksajaya". Raksajaya adalah leluhur bagi masyarakat setempat kala itu. Setelah beliau wafat pesara beliau sering didatangi oleh peziarah dari berbagai pelosok bukan saja dari masyarakat lokal yg berdatangan namun dari berbagai daerah lain, kemudian pada tahun 1978 desa tersebut diberi nama desa Kertajaya.

Luas wilayah Desa Kertajaya yang lebih dari 1.100 Ha, dan setiap tahunnya jumlah penduduk semakin bertambah serta kehidupan masyarakat semakin kompleks, atas dasar tersebut diatas maka, pada tahun 1984 Desa Kertajaya dimekarkan menjadi 2 (dua) Desa, Desa Pertama Sebagai Desa induk yaitu Desa Kertajaya sedangkan Desa yang kedua sebagai Desa pemekaran yang selanjutnya diberinama Desa Mekarsari.

6 tahun berlalu sejak berdirinya desa kertajaya akhirnya pada tahun 1984 lahir lah kami desa Mekarsari  dengan luas wilayah mencapai 580 HA dengan kepadatan penduduk 1.265 jiwa perkilometer persegi.

Berikut nama-nama pemimpin yang pernah dan sedang menjabat sebagai Kepala Desa Mekarsari:

1. Matin 1985 - 1986

2. H. Muhammad Hasan 1986 - 1998

3. E. Jurjani 1998 - 2012

4. Satibi 2013 - 2019

5. Hendrik 2020 - Sekarang